そこで、「これは使えるぞ」とか「これは鉄板でしょ」というソフト(オンライン等含む)をご列挙ください。

http://q.hatena.ne.jp/1266161699
そろそろ自分で使っているツールも棚卸ししてエントリでも書こうと思って早2年。やっぱりやる！と決めた時点でやらないといかんもんですね。
一言だけ内容に突っ込んでおくと、ファイル転送ソフトとしてはFFFTPではなくWinSCPを奨めるべきです。先日のマルウェア対応遅れ事件もあった事ですし、そもそもFTPがセキュアとは言いがたいプロトコル。もはやこういう場でもお奨めするのは間違いだと思うのですよ(一応FTPでのファイル転送にもWinSCPは対応しているので、レガシーな環境で生活している人に対しても、WinSCPを奨めておいて問題はないです)。